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TECHNOLOGY

Sarah使用教程

一.Sarah使用说明

1.  Importing and processing compounds 导入和运行化合物,参见Derek

2.  Sarah prediction setup开始运行Sarah预测

a. 以Aspirin为例,输入结构后,结构编辑器中可以清晰展示待预测的2D结构,点击菜单栏的Sarah使用教程1.png按钮或者菜单栏Prediction|Sarah Prediction|Sarah prediction setup…,启动Sarah prediction setup面板,选择默认prediction model和参数,设置好后即可点击1606099739108517.png开始预测。

3.  Reading and interpreting the results预测结果分析解读

a. Sarah预测完后,左上角显示该化合物的总结果,positive、negative、equivocal或outside domain,并显示confidence,confidence作为参考,根据权重、相似性等多因素综合计算得到的数值,反映该化合物阳性或阴性等的可能性风险。

b. 右侧枚举该化合物匹配的hypothesis,hypothesis下方显示该hypothesis的阳性或阴性结果,并给出该hypothesis的confidence。

c. 点击每一个hypothesis,可看到右侧显示匹配的examples,默认显示相似性靠前的50个(可以修改参数,显示更多或全部显示)全部为做过ames test的化合物,红色表示实验结果阳性,绿色表示实验结果阴性,百分数表示该实验化合物与预测化合物的相似性,相似性越高表示与预测化合物越相似,100%表示刚好做过实验。

d. 点击每一个examples,可以在右侧看到该实验化合物的具体参考文献,以及实验结果,可以点击reference查看数据原始来源。

e. 点击右上角的strain,可以看到实验化合物的具体菌种信息,包括TA97、TA100、TA1535、TA1537等多种菌种,以及+S9和-S9的实验结果。


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4. Reporting报告生成

a. 点击(3).gif或者选择菜单栏的Reports|Create Report来创建和保存预测结果。

b. 在打开的Create Report面板中根据您的需要选择格式来保存或直接Email,可支持的格式包括*.doc、*.pdf、*.xlsx、*.sdf和*.csv等多种。

c. Sarah报告可以根据您的需要进行自定义,增加或减少某些内容。生成的报告可直接提交给监管部门,如关于杂质致突变性预测的报告,以满足ICH M7要求。


1606099872605672.png


5.Batch Processing批量处理

a. 用户可以一次性进行多个化合物的Sarah预测,可以有多种输出类型,预测可以中止和结束运行。

b. 打开(4).png导入批处理的结构,如下图,选择要导入的结构的sdf文件,在面板右侧的File Preview即可预览结构。


3.png


c. 选择1606100097588588.png进行预测批处理设置和启动,如下图面板,选择批处理报告类型、格式等其他报告显示设置,然后点击1606100118523051.png启动批处理预测。

4.png