样本数据⇒CLC Genomics Workbench⇒产出报告
♦ 重测序
完整的重测序分析流程，包括变异位点的检测和遗传变异位点比较。处理海量样本时，高效的算法可缩短运行时间，同时可自定义的分析流程和批次处理可将操作时间缩短到最短。
♦ 序列比对
优化的比对算法可以高效的利用内存，对海量的数据集进行高质量的比对，同时支持多种格式的测序数据，包括短/长reads，从而专注从NGS原始数据中获得具有生物学意义的结果。
♦ 变异分析
精确检测不同变异类型，包括SNV（单核苷酸变异）、MNV（多核苷酸变异）、不同长度的插入，缺失或替换以及大的结构变异。另外软件还提供一系列的过滤条件和比较工具用来筛选具有重要意义的变异位点。
♦ ChIP-seq 转录因子分析
近年来的技术发展使得即使在没有对照样本的情况下，也可以深入地了解转录调控事件。ChIP-seq技术可以在整个基因组中找到转录因子结合位点的特定峰区，并通过软件进行分析和显示。
♦ ChIP-seq 组蛋白插件
组蛋白的乙酰化与染色质解凝以及基因上调下调表达等重要表观遗传现象相关，该插件可以检测基因或其他预定基因组区域中组蛋白乙酰化标记的证据。
♦ 亚硫酸盐测序
胞嘧啶甲基化可能是表观修饰调控基因表达的最佳案例。CLC Genomics Workbench 的 Bisulfite Sequencing 插件为科学家在研究胞嘧啶甲基化时面临的常见问题提供了一体化解决方案。
♦ RNA-seq
软件将测序数据的标准二级分析和高级统计方法结合到一起，并且提供case-control、多组实验以及多因素实验的设计。所有工具都可以解决由于测序深度引起的差异，无需对输入数据进行标准化。统计结果可以采用track格式、表格或通过多种可视化方式来展示Metadata，例如火山图、2D热图、主成分分析和韦恩图。
♦ 从头拼接
De novo 拼接算法包含Trim工具，可以去除低质量的测序数据并通过有效利用计算机资源快速提供高质量的基因组组装结果。和比对方法一样，CLC软件支持各种类型的NGS数据，并且支持短/长reads的测序数据的混合拼接。
♦ 宏基因组和病原体分析
CLC Genomics Module 为微生物学家提供了一个好的解决方案。简单直观的分析工作流程使用户能够对微生物群落中的微生物种类和功能进行鉴定并比较。病原体分型功能确认了病原体的特性，并允许研究人员在流行病学样本信息的背景下构建疫情爆发图谱。所有的病原信息、数据和结果都可以在一个分析窗口中进行管理。
CLC Genomics Workbench 可以进行下游的分析和为后续的实验设计提供指导。经典序列分析工具包括BLAST，Sanger 数据或参考序列的从头组装、引物设计、分子克隆、3D结构可视化以及一系列不同的比对算法和工具用于系统发育树的分析。
除此之外，CLC Genomics Workbench 还有很多生物信息学家使用的工具。丰富的系统发育树构建工具，创建BLAST搜索，设计PCR或定量PCR引物，充分发挥CLC多年的分子生物学工具开发经验。
您可以轻松地设置自己的工作流程，并与其他同事或研究人员一起创建和分享工作流程。商业化的插件引入预先配置的示例工作流程，帮助您更快缩短从数据到发表文章的时间。
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